El apoyo de INREDH al fortalecimiento de la justicia indígena en Ecuador se basa en tres estrategias principales: la producción de conocimiento, la intervención jurídica estratégica y el acompañamiento directo a las comunidades y sus organizaciones. Una de las contribuciones centrales ha sido la creación de materiales que explican y defienden el derecho propio indígena, como la guía "La justicia runa: pautas para el ejercicio de la justicia indígena". Esta publicación, elaborada desde la experiencia práctica de su equipo jurídico, no solo define la "justicia runa" desde la cosmovisión andina, sino que aborda aspectos prácticos y conflictivos, como los límites de esta jurisdicción frente a la justicia ordinaria y los mecanismos de coordinación entre ambas.